Phật giáo thời kỳ Muromachi- Nam Bắc triều (1333-1568) va Azuchi-Momoyama Thất Đinh ( 1568-1600)

Phật giáo thời kỳ nàu có sự phát triển mạnh mẽ của Thiền tông ,Nichiren tông và Jodo tông. Thiền tông thời kỳ này nhờ có sự quy y của triều đình mà trở nên thịnh vượng. Một số tăng sư rất được triều đình quý trọng , được phép vào cung cấm thuyết pháp và trực tiếp làm lễ thọ giới nho nhiều thân thích Hoàng gia. Tông Nichiren và tông Jodo: Hình thành từ thời Kamakura đã có những phát triển nhất định nhưng Nichiren chỉ phát triển mạnh mẽ vào thời Muromachi và Azuchi-Momoyama. Trong thời kỳ này đã xuất hiện nhiều phái của hai tông này với các vị cao tăng đắc đạo. Vào cuối thời kỳ Azuchi-Momoyama nhân tài xuất hiện nhiều nên thế lực dòng Nichiren lớn mạnh. Chỉ riêng ở kinh đô đã có 21 chùa. Nhưng vì sự phê phán của các tông phái khác nên tông Nichiren chịu sự phản ứng mạnh mẽ. Riêng tông Jodo trong thời kỳ này có sự phát triển vượt bâc và phân hóa thành nhiều hệ phái lớn nhỏ Có thể nói trong thời kỳ Muromachi và Azuchi-Momoyama cả 3 tông phái Thiền tông ,Nichiren tông và Jodo tông. Chúng đều có quan hệ mật thiết với đời sống xã hội , trở thành trung tâm tinh thần, tôn giáo và cả kinh tế của xã hội. Thế lực kinh tế của các tu viện rất hùng hậu. Ngoài ra chùa, tu viện còn trở thành các trung tâm học thuật . Nhà chùa kiêm luôn chức năng của nhà trường .